Корректная пунктуация: По таким предметам, как английский язык и физическая культура, преподавание ведется по учебникам авторов, у которых создана единая линия преподавания предмета с 1 по 11 класс.
Правильно: преподаватель какого-либо предмета. Например, преподаватель физики.
Это не противопоставляемые понятия. Предметный указатель вполне может быть алфавитным, то есть организованным по алфавитному принципу.
Правилен второй вариант.
Корректно: внешнеречевой, внутреннеречевой, предметно-речевой.
Акцентология изучает только словесное ударение, орфоэпия - общие вопросы произношения слов, звуков, фраз (артикуляция звуков речи, интонация и др.).
Это не тавтология. Слово поздравляю в приведенном примере не является пожеланием здоровья, оно уже утратило это значение.